मेट्रो स्टेशन इतनी गहराई में इसलिए बनाए गए हैं, क्योंकि शहर की ऊपरी ज़मीन गीली और कमज़ोर है। सेंट पीटर्सबर्ग की जल-प्रणाली में लगभग 100 नदियाँ और नहरें शामिल हैं, जिनकी कुल लंबाई करीब 300 किलोमीटर है। इसके अलावा ज़मीन के नीचे पुरानी नदी घाटियाँ भी हैं, जहाँ मिट्टी अस्थिर है और बहुत ज़्यादा भूजल मौजूद है।
मेट्रो सुरंगें सिर्फ वहीं बनाई जा सकती हैं, जहाँ नीचे मोटी तलछटी चट्टान (कैम्ब्रियन क्ले) होती है। लेकिन वहाँ तक पहुँचने के लिए पहले पानी से भरी रेत (क्विकसैंड) को जमाना पड़ता है। उसके बाद ही सुरंग खोदने का काम शुरू किया जाता है।
सेंट पीटर्सबर्ग में रूस का सबसे गहरा मेट्रो स्टेशन भी है — एडमिराल्टेयस्काया स्टेशन, जो ज़मीन से 86 मीटर नीचे है। यहाँ तक पहुँचने के लिए दुनिया का सबसे लंबा एस्केलेटर इस्तेमाल होता है, जिसकी लंबाई 137.4 मीटर है।
लेकिन इतना लंबा एस्केलेटर भी प्लेटफ़ॉर्म तक सीधे नहीं पहुँचता। इसलिए वहाँ एक और, थोड़ा छोटा एस्केलेटर भी लगाया गया है।